全國(guó)臺(tái)灣研究會(huì)下設(shè)三個(gè)機(jī)構(gòu)，即：聯(lián)絡(luò)部、研究部、綜合部。

　　研究部負(fù)責(zé)臺(tái)灣政局與兩岸關(guān)系的形勢(shì)分析并提供研究報(bào)告；承擔(dān)各部門委托的研究課題，規(guī)劃本會(huì)年度課題；審核學(xué)術(shù)著作出版的資助；編輯出版臺(tái)灣年鑒及其他學(xué)術(shù)研究成果；組織涉臺(tái)科研成果的評(píng)獎(jiǎng)活動(dòng)。