全國臺灣研究會下設三個機構，即：聯絡部、研究部、綜合部。
研究部負責臺灣政局與兩岸關系的形勢分析并提供研究報告；承擔各部門委托的研究課題，規劃本會年度課題；審核學術著作出版的資助；編輯出版臺灣年鑒及其他學術研究成果；組織涉臺科研成果的評獎活動。
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